انیمیشن «پوکمون: بازگشت به حملات میوتو» درباره مجموعه ‌ای از دانشمندان است که پوکمون جدیدی را می ‌سازند که نتیجه آن وحشتناک و فاجعه ‌بار می ‌شود. اما تعدادی از مربیان پوکمون از این نقشه مطلع شده و تصمیم می‌ گیرند که جلوی نابودی دنیا را بگیرند.